ACI IMPBIO
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Projet RAFALE

Règles pour l'Annotation Fonctionnelle semi-Automatisée de la LEvure





Responsable : Christine Froidevaux, e-mail.

CNRS bandeauu-psud INRA

IBBMC LRI MIG



Sommaire

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Description du projet

L’annotation des génomes, c’est-à-dire, la caractérisation de la fonction des gènes, de leurs protéines et des processus biologiques qu’ils sous-tendent, nécessite la prise en compte de toutes les informations disponibles. Cette annotation nécessite l'intégration de données très variées et très nombreuses, provenant de quatre sources principales :
    a) des expériences à grande échelle ;
    b) des données stockées dans les collections biologiques, entre autres, les annotations d'autres génomes ;
    c) des connaissances biologiques disponibles dans la littérature;
    d) des données et résultats produits par les techniques d'analyse in silico.
L'objectif du présent projet est d'assister les biologistes dans cette tâche complexe d'intégration en améliorant l'interaction, fondamentale, entre le système et l'expert humain. Actuellement, le processus d'annotation repose entièrement sur les épaules de l'expert qui doit valider, croiser, vérifier et intégrer les données et résultats générés par le système pour produire une annotation cohérente.
Nous envisageons ici la conception et la mise au point d'un système à base de règles qui reflète les connaissances des experts et qui permette l'annotation des données génomiques par une utilisation optimale des informations disponibles. Cela demande de définir une stratégie d'annotation fondée sur l'expertise des biologistes et la mise en place d'un ensemble de règles expertes acquises en partie par apprentissage automatique ainsi que d'un module de raisonnement capable de mettre en oeuvre cette stratégie. A chaque règle sera associé un coefficient de fiabilité qui reflètera la qualité de l'annotation qu'elle propose. Afin de le valider, ce système sera développé en utilisant les données génomiques de la levure.
Le projet soumis s'appuie sur un environnement intégré de logiciels d'annotations et de bases de données développé et utilisé par MIG. Bien que ce module d’annotation soit, dans un premier temps, appliqué à l'annotation des données génomiques de la levure dans le cadre des outils développés par l'unité MIG, nous souhaitons, in fine, développer un module générique d'aide à l'annotation utilisable par d'autres plates-formes pour annoter différents organismes.

Laboratoires partenaires

Collaborateur scientifique :


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Calendrier

N°DateLieuTitre/ThèmeOrateur(s)/Participants
125/10/2004LRILancement projetIBBMC-LRI-MIG
225/11/2004IGMJournée « Annotation » du PPF Bioinformatique et Génomique de Paris Sud IBBMC-LRI-MIG Exposés de J-F. Gibrat sur AGMIAL et Ch. Froidevaux sur RAFALE
316/12/2004LRICaractéristiques des protéines à prendre en compte pour l'annotationIBBMC-LRI-MIG
431/01/2005MIGPrésentation de AGMIALIBBMC-LRI-MIG - Exposé de V. Loux
522/02/2005LRICahier des charges pour le site web et l?intranetIBBMC-LRI-MIG
611/03/2005MIGDiscussion sur les stratégies d'annotationIBBMC-LRI-MIG Document de travail de J-F. Gibrat
713/03/2005MIGDiscussion sur les stratégies d'annotation avec un annotateur de l'INRAR. Bossy (MIG), J-F. Gibrat (MIG) et E. Duchaud (INRA Unité Virologie et Immunologie moléculaire)
817/03/2005LRIRéunion de travail et Séminaire Langage du GénomeIBBMC-LRI-MIG - Exposé de C. Médigue sur MicroScope
920/04/2005LRIRéunion de travailIBBMC-LRI-MIG
1025/05/2005LRIStratégies d'annotation ; formalisation des descripteursIBBMC-LRI-MIG
1123/06/2005MIGStratégies d'annotation ; formalisation des descripteurs (suite)IBBMC-LRI-MIG
1205/07/2005LyonACI IMPBio - JOBIM'2005Présentation poster RAFALE
1326/09/2005LRIRéunion de rentréeIBBMC-LRI-MIG
1420/10/2005LRIScénario d'annotation : discussion sur un document de travail de J-F. GibratIBBMC-LRI-MIG
1516/12/2005LRIScénario d'annotation : discussion sur un document de travail de A. PouponIBBMC-LRI-MIG
1627/01/2006MIGRéunion de travailLRI-MIG
1702/03/2006LRIRéunion de formation scientifiqueLRI-MIG-IBBMC Exposé de Christine Froidevaux sur l'alignement d?ontologies
1829/03/2006LRIRéunion de formation scientifiqueLRI-MIG - Exposé de Céline Rouveirol et Jérôme Azé (LRI) sur les méthodes d'apprentissage
1922/06/2006MIGRéunion de travailLRI-MIG-IBBMC - Exposé de Anne Poupon, présentation du modèle de données pour les organismes eucaryotes.
205-6-7 juillet 2006BordeauxJOBIM'2006LRI-MIG Présentation d'un poster sur les arbres de décision pour l'annotation
2115/09/2006LRIRéunion de rentréeIBBMC-LRI-MIG
2226/10/2006LRIRéunion de travailIBBMC-LRI-MIG
2318 et 19 déc 2006MIGJournée de travail avec les annotateurs de l'INRA : présentation des résultatsIBBMC-LRI-MIG, Exposé de Claire Toffano-Nioche sur les stratégies d'annotation ; exposé de Lucie Gentils sur la présentation des prédictions d'annotation et des règles associées
24 05/02/2007 LRI Discussion sur les aspects IHM de la visualisation des résultats IBBMC-LRI-MIG
2509/03/2007 LRIRéunion de travailIBBMC-LRI-MIG
2626/06/2007LRIRédaction article MLSBLRI-MIG
27 29/06/2007 LRI Rédaction article MLSB (suite) LRI-MIG
28 04/07/2007 LRI Rédaction article MLSB (suite) IBBMC-LRI-MIG

Autres projets d'annotation

HAMAP
GenoStar
MicroScope
genDB
GeneQuiz
BASys
Automated Function Prediction

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