Composition de l'équipe
  Responsable
    FROIDEVAUX Christine

  Membres permanents
    AMAR Patrick
    AZE Jérôme
    COHEN-BOULAKIA Sarah
    DENISE Alain
    FROIDEVAUX Christine

  Membres non-permanents
    ASLAOUI-ERRAFII Zahira
    DJELLOUL Mahassine
    LOU Feng
    PARMENTIER Frédéric
    RINAUDO Philippe
    SAULE Cédric
    THEVENIN Annelyse

  Visiteurs
    CLOTE Peter
    LESER Ulf
    SHEIKH Saad

  Associés
    REGNIER Mireille

  Stagiaires
    BEZZEGHOUD Hayet
    HAMADI Abdelkader
    LAIGNEL Nicolas
    LI Jun

Thèmes de recherche
  Intégration d'informations
  Ontologies
  Algorithmique
  Modélisation
  Apprentissage
  Fouille de données
  Bioinformatique
  Workflows
  Combinatoire

Projet(s) associé(s)
  AMIB

Contrats en cours
  RAFALE
  MICROBIOGENOMICS
  Brasero
  RNA-RECOD
  PASAPAS
  Bioinformatique et Biomathémati
  RegRNAs
  ARENA
  GDR BIM
  GENEVA
  INCA
  NAVGRAPHE
  PI-Vert
  Bioinformatique et Genomique
  RNAomics

Logiciels et brevets
  GenRGenS: Generation of Random Genomic Sequences and Structures
  VARNA: Visualisation Applet for RNA
  HSIM: Hyperstructure Simulator
  Editeur de textes
  BioGuide: Guiding scientists through biological sources
  SNK-DeeVee: Detecting and visualising Sequential Nuggets of Knowledge
  GenoQuery: Querying genomic data warehouse
  NestedAlign: Pairwise RNA secondary structure comparison
  Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs

Collaborations
  Swiss Institute of Bioinformatics (Genève)

Thèses et habilitabions récentes
  Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs recurrents dans les structures tertiaires d'ARN
  Aspects Algorithmiques des Réarrangements Génomiques : Duplications et ordres partiels
  "Recherche d'associations séquentielles et alignement d'ontologies biologiques."

Towards Reproducible Science with Scientific Workflows and Provenance
Bertram Ludäscher
Lun 26 juillet 2010 - 10h00

TBA
Peter Clote
Jeu 01 juillet 2010 - 14h00

Scalable Inference and Matching of Object Annotations
Ambuj Singh
Jeu 10 juin 2010 - 14h00

Knowledge Management in Bioinformatics @ Humboldt
Ulf Leser
Jeu 27 mai 2010 - 14h00

The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
Antonio Mucherino
Jeu 29 avril 2010 - 15h30

Eléments transposables et Bioinformatique
Sébastien Tempel
Jeu 29 avril 2010 - 14h00

BioPsi: a formal description of biological processes based on elementary bricks of actions
Sabine Pérès
Jeu 22 avril 2010 - 14h00

Prédiction de nouveaux microARN dans les génomes
Anthony Mathelier
Jeu 01 avril 2010 - 14h00

Transcriptome of the Human Polymerase III.
Galina Boldina
Jeu 11 mars 2010 - 14h00

Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
Feng LOU
Jeu 11 février 2010 - 14h00

Evolution des récepteurs couplés aux protéines G de classe A
Marie Chabbert
Jeu 28 janvier 2010 - 14h00

Prédiction à gros-grain de la structure tridimensionnelle de l'ARN
Alexis Lamiable
Jeu 21 janvier 2010 - 15h00

Apprentissage d'automates pour la modélisation de familles de protéines
Francois Coste
Jeu 14 janvier 2010 - 14h00

New concepts and approaches in RNA Structural Bioinformatics
N. Leontis
Mar 08 décembre 2009 - 14h00

Caractérisation de sites de recodage par une approche de génomique comparative
Thomas Moncion
Jeu 26 novembre 2009 - 14h00

Structural classification of alpha-helical membrane proteins
Sindy Neuman
Jeu 19 novembre 2009 - 14h00

Aspects algorithmiques des réarrangements génomiques : duplications et ordres partiels.
Annelyse Thévenin
Mar 03 novembre 2009 - 10h30

Modélisation 3D d'interactions entre protéines et ARN structuré ou non structuré: méthodes et applications
Fabrice Leclerc
Jeu 29 octobre 2009 - 14h00

Profil transcriptionel de l'hétérochromatine : impact des éléments transposables
Matthias Zytnicki
Jeu 24 septembre 2009 - 14h00

Geometry for the structural modelling of biomolecules: the protein, complex and RNA structure examples
Julie Bernauer
Jeu 10 septembre 2009 - 14h00

Sampling of RNA Secondary Structure to Predict the Density of States
Feng LOU
Ven 03 juillet 2009 - 14h00

Comparaison de génomes partiellement ordonné
Annelyse Thévenin
Jeu 02 juillet 2009 - 14h00

An adaptive combination of matchers: application to the mapping of biological ontologies for genome annotation
Bastien Rance
Jeu 25 juin 2009 - 15h30

Enumération de structures d'ARN avec pseudo-noeuds
Cédric Saule
Jeu 25 juin 2009 - 14h00

Comparaison de voies métaboliques entre espèces : similarité sémantique des annotations GO associées
Olivier Dameron
Jeu 16 avril 2009 - 14h00

Métagénomique des microorganismes non cultivés du plancton océanique profond
Puri Lopez
Ven 10 avril 2009 - 10h00

Two case studies: Prediction and Classification of biological molecular structures
Guillaume Santini
Jeu 09 avril 2009 - 15h30

Méthodes formelles et modélisation
Fabien Tarissan
Jeu 09 avril 2009 - 14h00

Une nouvelle approche du Docking protéine-protéine
Thomas Bourquard
Ven 27 mars 2009 - 14h00

Robustesse environnementale des réseaux de régulation : théorie et application.
Sylvain Séné
Ven 20 mars 2009 - 14h00

Le projet BRASERO
Alain Denise
Ven 13 mars 2009 - 14h30

Classification de structures ARN avec pseudonoeuds
Cédric Saule
Jeu 05 février 2009 - 14h00

Application des banques de données de familles de gènes à l'étude des transferts horizontaux chez les procaryotes
Guy Perrière
Lun 08 décembre 2008 - 14h45

Intégration, Interrogation et Analyse de données de génomique comparative
Frédéric Lemoine
Jeu 04 décembre 2008 - 14h00

PlasmoDraft: prédictions d'annotations fonctionnelles des gènes de Plasmodium falciparum à partir de données post-génomiques
Laurent Bréhélin
Jeu 27 novembre 2008 - 14h30

Phylo-MCOA : Visualiser la concordance entre arbres de gènes en phylogénomique.
Damien de Vienne
Jeu 20 novembre 2008 - 14h00

Identification des gènes du groupe d'orthologie le plus conservé au sein de la famille des gènes WOX de plantes : un exemple où l'analyse de séquences guide la paillasse
Claire Toffano-Nioche
Jeu 13 novembre 2008 - 14h00

Recherche de patterns fermés fréquents dans des DAGs : application à la découverte de réseaux d'interactions gènes.
Alexandre Termier
Jeu 05 juin 2008 - 14h00

Algorithms for exploring the mutation landscape of RNA molecules
Jérôme Waldispuhl
Jeu 29 mai 2008 - 14h00

Réduction de dimension et classification de données issues de puces à ADN.
Blaise HANCZAR
Jeu 03 avril 2008 - 14h00

Algorithmique pour la comparaison de structures biologiques arborescentes
Aïda Ouangraoua
Jeu 27 mars 2008 - 14h00

A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
Mahassine Djeloul
Jeu 20 mars 2008 - 14h00

Analyse et optimisation des techniques d'échantillonage statistique pour la structure d'ARN
Yann Ponty
Mer 19 mars 2008 - 14h00

Queries on Biological Graphs
Ulf Leser
Ven 15 février 2008 - 14h00

A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency
25 mars 2008
By Patrick Amar et Al. BMC Systems Biology 2008, 2:27

Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures
29 novembre 2008
Mahassine Djelloul and Alain Denise. RNA December 2008 14: 2489-2497.

Exploration Uniforme de très grands modèles
06 novembre 2007
Un nouvel algorithme permet de tirer uniformément des traces dans de très grands modeles de systèmes parallèles.

GenoQuery: a new querying module for functional annotation in a genomic warehouse
01 juillet 2008
Frédéric Lemoine, Bernard Labedan and Christine Froidevaux in Bioinformatics, 2008, 24(13):i322-9

The Average Complexity of Tree Alignment
28 janvier 2008
Nous avons démontré que la complexité moyenne de l'algorithme d'alignement d'arbres de Jiang, Wang et Zhang (1995) est en O(n^2).

Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs
Rna3Dmotif

NestedAlign: Pairwise RNA secondary structure comparison
NestedAlign

GenoQuery: Querying genomic data warehouse
GenoQuery