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> Bioinformatique (BioInfo)
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Rapport d'activité 2005-2008
Composition de l'équipe
Responsable
FROIDEVAUX Christine
Membres permanents
AMAR Patrick
AZE Jérôme
COHEN-BOULAKIA Sarah
DENISE Alain
FROIDEVAUX Christine
Membres non-permanents
ASLAOUI-ERRAFII Zahira
BOURQUARD Thomas
DJELLOUL Mahassine
LOU Feng
RINAUDO Philippe
SAULE Cédric
THEVENIN Annelyse
Thèmes de recherche
Intégration d'informations
Ontologies
Algorithmique
Modélisation
Apprentissage
Fouille de données
Bioinformatique
Workflows
Combinatoire
Projet(s) associé(s)
AMIB
Contrats en cours
RAFALE
MICROBIOGENOMICS
Brasero
RNA-RECOD
PASAPAS
Bioinformatique et Biomathémati
RegRNAs
ARENA
GDR BIM
GENEVA
INCA
NAVGRAPHE
PI-Vert
Bioinformatique et Genomique
RNAomics
Logiciels et brevets
GenRGenS: Generation of Random Genomic Sequences and Structures
VARNA: Visualisation Applet for RNA
HSIM: Hyperstructure Simulator
Editeur de textes
BioGuide: Guiding scientists through biological sources
Sequential Nuggets of Knowledge
SNK-DeeVee: Detecting and visualising Sequential Nuggets of Knowledge
GenoQuery: Querying genomic data warehouse
NestedAlign: Pairwise RNA secondary structure comparison
Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs
Collaborations
Swiss Institute of Bioinformatics (Genève)
Thèses et habilitabions récentes
Aspects Algorithmiques des Réarrangements Génomiques : Duplications et ordres partiels
"Recherche d'associations séquentielles et alignement d'ontologies biologiques."
Approches bioinformatiques pour l'étude de la structure et de la régulation des ARN
Séminaires
Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
Feng LOU
Jeu 11 février 2010 - 14h00
Evolution des récepteurs couplés aux protéines G de classe A
Marie Chabbert
Jeu 28 janvier 2010 - 14h00
Prédiction à gros-grain de la structure tridimensionnelle de l'ARN
Alexis Lamiable
Jeu 21 janvier 2010 - 15h00
Apprentissage d'automates pour la modélisation de familles de protéines
Francois Coste
Jeu 14 janvier 2010 - 14h00
New concepts and approaches in RNA Structural Bioinformatics
N. Leontis
Mar 08 décembre 2009 - 14h00
Caractérisation de sites de recodage par une approche de génomique comparative
Thomas Moncion
Jeu 26 novembre 2009 - 14h00
Structural classification of alpha-helical membrane proteins
Sindy Neuman
Jeu 19 novembre 2009 - 14h00
Aspects algorithmiques des réarrangements génomiques : duplications et ordres partiels.
Annelyse Thévenin
Mar 03 novembre 2009 - 10h30
Modélisation 3D d'interactions entre protéines et ARN structuré ou non structuré: méthodes et applications
Fabrice Leclerc
Jeu 29 octobre 2009 - 14h00
Profil transcriptionel de l'hétérochromatine : impact des éléments transposables
Matthias Zytnicki
Jeu 24 septembre 2009 - 14h00
Geometry for the structural modelling of biomolecules: the protein, complex and RNA structure examples
Julie Bernauer
Jeu 10 septembre 2009 - 14h00
Sampling of RNA Secondary Structure to Predict the Density of States
Feng LOU
Ven 03 juillet 2009 - 14h00
Comparaison de génomes partiellement ordonné
Annelyse Thévenin
Jeu 02 juillet 2009 - 14h00
An adaptive combination of matchers: application to the mapping of biological ontologies for genome annotation
Bastien Rance
Jeu 25 juin 2009 - 15h30
Enumération de structures d'ARN avec pseudo-noeuds
Cédric Saule
Jeu 25 juin 2009 - 14h00
Comparaison de voies métaboliques entre espèces : similarité sémantique des annotations GO associées
Olivier Dameron
Jeu 16 avril 2009 - 14h00
Métagénomique des microorganismes non cultivés du plancton océanique profond
Puri Lopez
Ven 10 avril 2009 - 10h00
Two case studies: Prediction and Classification of biological molecular structures
Guillaume Santini
Jeu 09 avril 2009 - 15h30
Méthodes formelles et modélisation
Fabien Tarissan
Jeu 09 avril 2009 - 14h00
Une nouvelle approche du Docking protéine-protéine
Thomas Bourquard
Ven 27 mars 2009 - 14h00
Robustesse environnementale des réseaux de régulation : théorie et application.
Sylvain Séné
Ven 20 mars 2009 - 14h00
Le projet BRASERO
Alain Denise
Ven 13 mars 2009 - 14h30
Classification de structures ARN avec pseudonoeuds
Cédric Saule
Jeu 05 février 2009 - 14h00
Application des banques de données de familles de gènes à l'étude des transferts horizontaux chez les procaryotes
Guy Perrière
Lun 08 décembre 2008 - 14h45
Intégration, Interrogation et Analyse de données de génomique comparative
Frédéric Lemoine
Jeu 04 décembre 2008 - 14h00
PlasmoDraft: prédictions d'annotations fonctionnelles des gènes de Plasmodium falciparum à partir de données post-génomiques
Laurent Bréhélin
Jeu 27 novembre 2008 - 14h30
Phylo-MCOA : Visualiser la concordance entre arbres de gènes en phylogénomique.
Damien de Vienne
Jeu 20 novembre 2008 - 14h00
Identification des gènes du groupe d'orthologie le plus conservé au sein de la famille des gènes WOX de plantes : un exemple où l'analyse de séquences guide la paillasse
Claire Toffano-Nioche
Jeu 13 novembre 2008 - 14h00
Recherche de patterns fermés fréquents dans des DAGs : application à la découverte de réseaux d'interactions gènes.
Alexandre Termier
Jeu 05 juin 2008 - 14h00
Algorithms for exploring the mutation landscape of RNA molecules
Jérôme Waldispuhl
Jeu 29 mai 2008 - 14h00
Réduction de dimension et classification de données issues de puces à ADN.
Blaise HANCZAR
Jeu 03 avril 2008 - 14h00
Algorithmique pour la comparaison de structures biologiques arborescentes
AĂŻda Ouangraoua
Jeu 27 mars 2008 - 14h00
A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
Mahassine Djeloul
Jeu 20 mars 2008 - 14h00
Analyse et optimisation des techniques d'échantillonage statistique pour la structure d'ARN
Yann Ponty
Mer 19 mars 2008 - 14h00
Queries on Biological Graphs
Ulf Leser
Ven 15 février 2008 - 14h00
> tous les séminaires
Résultats majeurs
A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency
25 mars 2008
By Patrick Amar et Al. BMC Systems Biology 2008, 2:27
Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures
29 novembre 2008
Mahassine Djelloul and Alain Denise. RNA December 2008 14: 2489-2497.
Exploration Uniforme de très grands modèles
06 novembre 2007
Un nouvel algorithme permet de tirer uniformément des traces dans de très grands modeles de systèmes parallèles.
GenoQuery: a new querying module for functional annotation in a genomic warehouse
01 juillet 2008
Frédéric Lemoine, Bernard Labedan and Christine Froidevaux in Bioinformatics, 2008, 24(13):i322-9
The Average Complexity of Tree Alignment
28 janvier 2008
Nous avons démontré que la complexité moyenne de l'algorithme d'alignement d'arbres de Jiang, Wang et Zhang (1995) est en O(n^2).
> tous les résultats
Logiciels et brevets
Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs
Rna3Dmotif
NestedAlign: Pairwise RNA secondary structure comparison
NestedAlign
GenoQuery: Querying genomic data warehouse
GenoQuery
> tous les logiciels
CNRS
Alain Fuchs nommé Président du CNRS.