Composition de l'équipe
  Responsable
    FROIDEVAUX Christine

  Membres permanents
    AMAR Patrick
    AZE Jérôme
    COHEN-BOULAKIA Sarah
    DENISE Alain
    FROIDEVAUX Christine
    LABEDAN Bernard
    PERES Sabine

  Membres non-permanents
    CHEN Jiuqiang
    GUILHOT-GAUDEFFROY Adrien
    RINAUDO Philippe
    YANG Bo
    ZENG Cong

  Visiteurs
    BOUFFARD Marc
    WALDISPUHL Jérôme

  Associés
    BERNAUER Julie
    IAKOVISHINA Daria
    LESPINET Olivier
    PAULEVE Loïc
    PEREIRA Cécile
    PONTY Yann
    REGNIER Mireille

  Stagiaires
    BRANCOTTE Bryan
    COULMY Thimothé
    DEMANOU Jeff
    DUHAMEL Nicolas
    IBRAHIM Hassan
    MICHARD Clément

Thèmes de recherche
  Intégration d'informations
  Ontologies
  Algorithmique
  Modélisation
  Apprentissage
  Fouille de données
  Bioinformatique
  Workflows
  Combinatoire

Projet(s) associé(s)
  AMIB

Contrats en cours
  RNAomics

Logiciels et brevets
  GenRGenS : GenRGenS: Generation of Random Genomic Sequences and Structures
  VARNA : VARNA: Visualisation Applet for RNA
  WXD : Editeur de textes
  HSIM : HSIM: Hyperstructure Simulator
  BioGuide : Guiding scientists through biological sources
  Sequential Nuggets of Knowledge - DeeVee : SNK-DeeVee: Detecting and visualising Sequential Nuggets of Knowledge
  GenoQuery : GenoQuery: Querying genomic data warehouse
  NestedAlign : NestedAlign: Pairwise RNA secondary structure comparison
  Rna3Dmotif : Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs
  GeneValorization : L'importance des gènes en un clin d'oeil
  Cartaj : Classification Of RNA threeway Junctions
  Voeux : Gestion des services d'enseignement

Collaborations
  Swiss Institute of Bioinformatics (Genève)

Thèses et habilitabions récentes
  Algorithmes pour l'étude de la structure secondaire des ARN et l'alignement de séquences
  Modèles combinatoires des structures d’ARN avec ou sans pseudonoeuds, application à la comparaison de structures.
  Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs recurrents dans les structures tertiaires d'ARN

Ensemble Predictions of beta-sheet Protein Structures
Jérôme Waldispuhl
Jeu. 24 mai 2012 - 14h00

Enjoy Dynamic Programming in Bellman's GAP
Robert Giegerich
Mer. 16 mai 2012 - 14h00

Sequence-based identification of RNA 3D structural modules
José Cruz Almeida
Jeu. 10 mai 2012 - 14h30

Protein folding, unfolding, and ligand docking by computer simulations
Yuko OKAMOTO
Jeu. 29 mars 2012 - 14h30

Characterizing the Morphology of Protein Binding Patches
Noël Malod-Dognin
Jeu. 08 mars 2012 - 14h30

Predicting copy number changes and structural variants in cancer genomes using next-generation sequencing data
Valentina Boeva
Jeu. 02 février 2012 - 14h30

From sequence to structure: Detecting RNA structural modules on sequences
José Almeida Cruz
Jeu. 12 janvier 2012 - 14h30

Computational Structural Biology: Its Birth and Future
Michael Levitt
Lun. 28 novembre 2011 - 14h30

Graphite-MicroMégas, a tool for DNA modeling
Samuel Hornus
Jeu. 10 novembre 2011 - 14h30

Prédire des noeuds dans les ARN avec des hypergraphes...
Yann Ponty
Jeu. 15 septembre 2011 - 14h00

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure
Yann Ponty
Mer. 13 juillet 2011 - 14h00

Recent results on RNAomics
Peter Clote
Mer. 13 juillet 2011 - 11h00

Systematic analysis of large-scale networks Investigating biological functions to link genotype and phenotype
Magali Michaut
Jeu. 07 juillet 2011 - 14h00

UniProtKB and the processes of protein biocuration.
Lionel Breuza
Jeu. 16 juin 2011 - 14h00

Génomique comparée et Fouille de données enzymatiques.
Olivier Lespinet
Jeu. 09 juin 2011 - 14h00

Study of positions of genes to better understand driver mutations
Annelyse Thévenin
Jeu. 26 mai 2011 - 14h00

The microRNA Mastermind for Cancer
Stefan Vagner
Jeu. 31 mars 2011 - 14h00

TBA (Sujet: Data mining and computational Biology)
Tu Bao Ho
Lun. 28 mars 2011 - 11h00

Discovering Patterns of Data Anomalies: A New Perspective for Quantitative Data Cleaning
Laure Berti-Equille
Jeu. 24 mars 2011 - 14h00

Determinants of protein affinity and promiscuity for in-silico engineering of biological circuits and devices
Pablo Carbonell
Jeu. 17 mars 2011 - 14h00

MicroScope: a platform for microbial genome annotation and comparative genomics
Claudine Médigue
Jeu. 03 mars 2011 - 14h00

The complete genome of Propionibacterium freudenreichii CIRM 1, a hardy actinobacterium with food and probiotic applications
Hélène Falentin
Jeu. 10 février 2011 - 14h00

Consensus and Energy-based Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins
Saad Sheikh
Jeu. 27 janvier 2011 - 13h30

Optimisation of stochastic processes as an extension of stochastic verification.
Sylvain Pradalier
Jeu. 02 décembre 2010 - 14h00

Colloquium LIX
Colloquium LIX
Lun. 08 novembre 2010 - 09h00

Investigating conformational changes of biological macromolecules using multi-resolution Markov State Models
Xuhui Huang
Jeu. 07 octobre 2010 - 15h00

Sur la médiane de m permutations
Sylvie Hamel
Jeu. 30 septembre 2010 - 14h00

Modeling macromolecular structure and dynamics with RNABuilder
Samuel Flores
Lun. 06 septembre 2010 - 14h00

Towards Reproducible Science with Scientific Workflows and Provenance
Bertram Ludäscher
Lun. 26 juillet 2010 - 10h00

TBA
Peter Clote
Jeu. 01 juillet 2010 - 14h00

Scalable Inference and Matching of Object Annotations
Ambuj Singh
Jeu. 10 juin 2010 - 14h00

Knowledge Management in Bioinformatics @ Humboldt
Ulf Leser
Jeu. 27 mai 2010 - 14h00

The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
Antonio Mucherino
Jeu. 29 avril 2010 - 15h30

Eléments transposables et Bioinformatique
Sébastien Tempel
Jeu. 29 avril 2010 - 14h00

BioPsi: a formal description of biological processes based on elementary bricks of actions
Sabine Pérès
Jeu. 22 avril 2010 - 14h00

Prédiction de nouveaux microARN dans les génomes
Anthony Mathelier
Jeu. 01 avril 2010 - 14h00

Transcriptome of the Human Polymerase III.
Galina Boldina
Jeu. 11 mars 2010 - 14h00

Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
Feng LOU
Jeu. 11 février 2010 - 14h00

Evolution des récepteurs couplés aux protéines G de classe A
Marie Chabbert
Jeu. 28 janvier 2010 - 14h00

Prédiction à gros-grain de la structure tridimensionnelle de l'ARN
Alexis Lamiable
Jeu. 21 janvier 2010 - 15h00

Apprentissage d'automates pour la modélisation de familles de protéines
Francois Coste
Jeu. 14 janvier 2010 - 14h00

New concepts and approaches in RNA Structural Bioinformatics
N. Leontis
Mar. 08 décembre 2009 - 14h00

Caractérisation de sites de recodage par une approche de génomique comparative
Thomas Moncion
Jeu. 26 novembre 2009 - 14h00

Structural classification of alpha-helical membrane proteins
Sindy Neuman
Jeu. 19 novembre 2009 - 14h00

Aspects algorithmiques des réarrangements génomiques : duplications et ordres partiels.
Annelyse Thévenin
Mar. 03 novembre 2009 - 10h30

Modélisation 3D d'interactions entre protéines et ARN structuré ou non structuré: méthodes et applications
Fabrice Leclerc
Jeu. 29 octobre 2009 - 14h00

Profil transcriptionel de l'hétérochromatine : impact des éléments transposables
Matthias Zytnicki
Jeu. 24 septembre 2009 - 14h00

Geometry for the structural modelling of biomolecules: the protein, complex and RNA structure examples
Julie Bernauer
Jeu. 10 septembre 2009 - 14h00

Sampling of RNA Secondary Structure to Predict the Density of States
Feng LOU
Ven. 03 juillet 2009 - 14h00

Comparaison de génomes partiellement ordonné
Annelyse Thévenin
Jeu. 02 juillet 2009 - 14h00

An adaptive combination of matchers: application to the mapping of biological ontologies for genome annotation
Bastien Rance
Jeu. 25 juin 2009 - 15h30

Enumération de structures d'ARN avec pseudo-noeuds
Cédric Saule
Jeu. 25 juin 2009 - 14h00

Comparaison de voies métaboliques entre espèces : similarité sémantique des annotations GO associées
Olivier Dameron
Jeu. 16 avril 2009 - 14h00

Métagénomique des microorganismes non cultivés du plancton océanique profond
Puri Lopez
Ven. 10 avril 2009 - 10h00

Two case studies: Prediction and Classification of biological molecular structures
Guillaume Santini
Jeu. 09 avril 2009 - 15h30

Méthodes formelles et modélisation
Fabien Tarissan
Jeu. 09 avril 2009 - 14h00

Une nouvelle approche du Docking protéine-protéine
Thomas Bourquard
Ven. 27 mars 2009 - 14h00

Robustesse environnementale des réseaux de régulation : théorie et application.
Sylvain Séné
Ven. 20 mars 2009 - 14h00

Le projet BRASERO
Alain Denise
Ven. 13 mars 2009 - 14h30

Classification de structures ARN avec pseudonoeuds
Cédric Saule
Jeu. 05 février 2009 - 14h00

Application des banques de données de familles de gènes à l'étude des transferts horizontaux chez les procaryotes
Guy Perrière
Lun. 08 décembre 2008 - 14h45

Intégration, Interrogation et Analyse de données de génomique comparative
Frédéric Lemoine
Jeu. 04 décembre 2008 - 14h00

PlasmoDraft: prédictions d'annotations fonctionnelles des gènes de Plasmodium falciparum à partir de données post-génomiques
Laurent Bréhélin
Jeu. 27 novembre 2008 - 14h30

Phylo-MCOA : Visualiser la concordance entre arbres de gènes en phylogénomique.
Damien de Vienne
Jeu. 20 novembre 2008 - 14h00

Identification des gènes du groupe d'orthologie le plus conservé au sein de la famille des gènes WOX de plantes : un exemple où l'analyse de séquences guide la paillasse
Claire Toffano-Nioche
Jeu. 13 novembre 2008 - 14h00

Recherche de patterns fermés fréquents dans des DAGs : application à la découverte de réseaux d'interactions gènes.
Alexandre Termier
Jeu. 05 juin 2008 - 14h00

Algorithms for exploring the mutation landscape of RNA molecules
Jérôme Waldispuhl
Jeu. 29 mai 2008 - 14h00

Réduction de dimension et classification de données issues de puces à ADN.
Blaise HANCZAR
Jeu. 03 avril 2008 - 14h00

Algorithmique pour la comparaison de structures biologiques arborescentes
Aïda Ouangraoua
Jeu. 27 mars 2008 - 14h00

A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
Mahassine Djeloul
Jeu. 20 mars 2008 - 14h00

Analyse et optimisation des techniques d'échantillonage statistique pour la structure d'ARN
Yann Ponty
Mer. 19 mars 2008 - 14h00

Queries on Biological Graphs
Ulf Leser
Ven. 15 février 2008 - 14h00

A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency
25 mars 2008
By Patrick Amar et Al. BMC Systems Biology 2008, 2:27

Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures
29 novembre 2008
Mahassine Djelloul and Alain Denise. RNA December 2008 14: 2489-2497.

Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
11 février 2012
Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Éric Westhof. Computational Biology and Chemistry 37 (2012) 1–5

Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
01 juin 2010
Claire Herrbach, Alain Denise and Serge Dulucq. Theoretical Computer Science 411 (2010) 2423-2432.

Coverage-biased random explo-ration of large models and application to testing
27 mars 2011
A. Denise, M.-C. Gaudel, S.-D. Gouraud, R. Lassaigne, J. Oudinet S. Peyronnet, STTT: Int. Jal on SOFTWARE TOOLS FOR TECHNOLOGY TRANSFER, DOI: 10.1007/s10009-011-0190-1

Exploration Uniforme de très grands modèles
06 novembre 2007
Un nouvel algorithme permet de tirer uniformément des traces dans de très grands modeles de systèmes parallèles.

GenoQuery: a new querying module for functional annotation in a genomic warehouse
01 juillet 2008
Frédéric Lemoine, Bernard Labedan and Christine Froidevaux in Bioinformatics, 2008, 24(13):i322-9

Le logiciel VARNA à l'honneur
15 juillet 2011
Le logiciel VARNA est distingué dans le rapport scientifique 2010 du CNRS.

The Average Complexity of Tree Alignment
28 janvier 2008
Nous avons démontré que la complexité moyenne de l'algorithme d'alignement d'arbres de Jiang, Wang et Zhang (1995) est en O(n^2).

Classification Of RNA threeway Junctions
Cartaj

Gestion des services d'enseignement
Voeux

L'importance des gènes en un clin d'oeil
GeneValorization