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- Bioinformatique des génomes
- Interopérabilité et extraction de connaissances dans des sources de données
biomédicales
- Annotation fonctionnelle semi-automatique de génomes
- Formalisation des connaissances en biologie systémique (signalisation GPCR)
Méthodes informatiques- Intégration de sources d'informations multiples et hétérogènes ; conception et mapping d'ontologies ;
- Interrogation d'entrepôts de données
- Représentation et fouille de données; raisonnement sur des connaissances expertes
- Interopérabilité et extraction de connaissances dans des sources de données
biomédicales
PROPOSITION DE SUJETS de MASTER RECHERCHE pour 2010 (en co-encadrement)
Sujet 1 : Comparaison de résultats expérimentaux issus de l'exécution de workflows scientifiques
Sujet 2 : Tri d'informations biomédicales publiques : prise en compte de leur qualité
Sujet 3 : A quoi ressemblent les workflows scientifiques ?
Sujet 4 : Annotation fonctionnelle de protéines par apprentissage actif
SUBVENTIONS et CONTRATS RECENTS
- Projet Annotation FONctionnelle (AFON, PRES UniverSud), en collaboration avec MIG, INRA Jouy
- Projet Microbiogenomics "Extraction optimisée d'informations pertinentes à partir de données complexes et hétérogènes issues de comparaisons génomiques", ANR ARA Masse de Données, en collaboration avec MIG (INRA Jouy) et l'IGM d'Orsay
- Projet RAFALE "Règles pour l'Annotation Fonctionnelle semi-Automatisée de la LEvure", ACI IMPBio, en collaboration avec MIG (INRA Jouy) et l'IBBMC
- Plan Pluriformation Bioinformatique et Génomique de l'Université Paris Sud
- Groupe d'animation ISIBio "Intégration des Systèmes d'Information en Biologie" (ACI IMPBio)
- Action spécifique STIC-CNRS (2003-2004) AS 127 "Intégration et interopérabiité de sources de données génomiques"
- Projet européen HKIS (R&D, programme IST-5ème PCRD) (2002-2004) "Integrated Software Platform For Biological and Biomedical Data processing in Cancerology", en collaboration avec l'Université d'Ulm (Allemagne), l'Institut Européen d'Oncologie (Milan), l'Institut Curie et la société ISoft
- "Phénomène de recodage traductionnel : étude bioinformatique du décalage de phase en -1", Action Bioinformatique InterEPST (CNRS-INRA-INRIA-INSERM), en collaboration avec l'Institut de Génétique et Microbiologie, IGM Orsay
COMITES de PROGRAMMES
- 13th International Conference on Extending Database Technology, EDBT 2010
- 6th International Symposium on Integrative Bioinformatics, IB2010
- DILS'2007, DILS'2008 (co-chair), DILS'2009 (Data Integration in the Life Sciences)
- IEEE CBMS (Computer-Based Medical Systems), special track on Computational Proteomics, 2006-2008, 2009
- Workshop Bioinformatics' Challenges to Computer Science de la conférence, ICCS 2008, 2009
- JOBIM (Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques), 2006, 2007, 2009
- EGC (Extraction et Gestion des Connaissances, 2002-2009, 2010)
COMITES d'ORGANISATION
- Co-organisatrice de la journée Métadonnées, Ontologies et Qualité dans les Annotations MOQA (17 Septembre 2009, Orsay)
- Co-présidente du comité de programme et d'organisation de DILS 2008 (25-27 Juin 2008, Evry)
ENCADREMENT DE RECHERCHE
- Encadrement de thèses
- Conception d'une ontologie et raisonnement sur des connaissances pour la biologie systémique (Zahira Aslaoui-Errafii)
- Fouille et intégration de données biologiques hétérogènes (Bastien Rance, thèse soutenue en Septembre 2009)
- Nouvelles approches méthodologiques et algorithmiques pour l'annotation semi-automatique de génomes à grande échelle (Frédéric Lemoine, co-encadré par Bernard Labedan; thèse soutenue en Décembre 2008)
- Conception d'un module d'annotation semi-automatique de génomes (Lucie Gentils, co-encadrée par Jérôme Azé; thèse soutenue en Septembre 2008)
- Intégration de données biologiques : sélection de sources centrée sur l'utilisateur (Sarah Cohen Boulakia, thèse soutenue en décembre 2005; post-doc chez Susan Davidson à l'Université de Pennsylvanie de 2005 à 2007)
- Modélisation et détection automatique de sites de décalages de cadre en -1 dans les génomes eucaryotes (Jean-Paul Forest, co-encadré par Alain Denise, thèse soutenue en juin 2005, )
- Affinement de requêtes posées à un médiateur (Alain Bidault, co-encadré par Brigitte Safar, thèse soutenue en juillet 2002)
- Conception d'une ontologie et raisonnement sur des connaissances pour la biologie systémique (Zahira Aslaoui-Errafii)
- Encadrement de stages de Master M2 / DEA
- Représentation multiple de combinaisons de motifs dans les protéines (Sébastien Rance, en collaboration avec l'Institut Suisse de Bioinformatique, SIB, Genève)
- Assignation automatique d'une fonction aux protéines issues de séquençages des génomes (Nicolas Guet, en collaboration avec MIG, INRA)
- Intégration d'informations pour les bases de données génomiques (Sarah Cohen Boulakia)
- Recherche d'attributs pertinents pour l'apprentissage de régularités en génomique : cas de données issues du transcriptome (Jérémie Mary, en collaboration avec l'Institut Curie, Orsay)
- Représentation multiple de combinaisons de motifs dans les protéines (Sébastien Rance, en collaboration avec l'Institut Suisse de Bioinformatique, SIB, Genève)
LOGICIELS
- GenoQuery est un module d'interrogation pour l'entrepôt de données génomiques Microbiogenomics dédié à l'annotation fonctionnelle. Ce logiciel a été développé par Frédéric Lemoine et conçu en collaboration avec Bernard Labedan de l'IGM.
- SNK est un logiciel de data mining qui extrait des pépites de connaissance séquentielles à partir de données séquentielles et qui permet de les visualiser. Ce logiciel a été développé par Bastien Rance et conçu en collaboration avec Frédérique Lisacek de l'Institut Suisse de Bioinformatique (SIB).
- BioGuide est un logiciel développé par Sarah Cohen Boulakia et conçu en collaboration avec Susan Davidson de l'Université de Pennsylvanie. Il repose sur un algorithme générique de sélection automatique de sources pertinentes, adaptable aux différents utilisateurs, prenant en compte à la fois leurs préférences et leurs stratégies d'interrogation.
- BioRelief est un outil d'analyse pour les microarrays développé par Jérémie Mary, en collaboration avec Antoine Cornuéjols (LRI).
BIBLIOGRAPHIE
Liste de publications.
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- Licence d'Informatique (licence STS)
- Combinatoire pour l'informatique (L2)
- Master Bioinformatique et Biostatistique (BIBS)
- Bases de Données (cours en M1)
- Algorithmique (cours/TD en M1)
- Fouille de Données (cours/TD en M1)
- Fouille de données dans de grandes sources de données hétérogènes (cours en master M2)
- Master Recherche en Informatique
- Fondements de la Représentation des Connaissances
Livre d'enseignement
"Types de données et algorithmes", Christine Froidevaux, Marie-Claude Gaudel et Michèle Soria, McGraw-Hill, Collection Informatique,1990, 575 pages.
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