Séminaire Langage du Génome de l'université Paris-Sud
XI
Dernière mise à jour le mardi 28 février 2006.
Le séminaire "Langage du Génome" est une émanation
du groupe du même nom, qui a été fondé par Michel Termier
en 1998 à l'université Paris-Sud. Le séminaire est étroitement
associé au Plan Pluriformation
"Bioinformatique et Génomique" de l'université Paris-Sud.
Le principe du séminaire est le suivant : un orateur biologiste,
informaticien ou mathématicien présente un exposé "accessible
a tous publics scientifiques" sur un sujet susceptible d'intéresser
les chercheurs de différentes disciplines. Cela peut être par
exemple
- une présentation d'un sujet à la frontière
entre deux domaines,
- une initiation, pour des collègues d'une autre discipline,
a des notions importantes du domaine de l'orateur,
- un problème que l'orateur a rencontré et qui pourrait
donner lieu a des collaborations interdisciplinaires,
- etc.
Le séminaire se déroule généralement le jeudi
a 16h a l'Université Paris-Sud (l'endroit pouvant varier entre différents
laboratoires impliqués). Il est prévu un exposé d'environ
une heure, suivi de questions et discussions éventuelles.
Prochain séminaire :
- Pas de séminaire programmé pour l'instant.
Séminaires précédents :
- Jeudi 21 avril 2005. François Major (Laboratoire de Bioinformatique
Théorique, Université de Montréal). Les blocs de construction de l'ARN.
- Jeudi 17 mars 2005. Claudine Médigue (Atelier de
Génomique Comparative CNRS-UMR8030). MicroScope : bases de
données pour la (ré)annotation de génomes
bactériens à la lumière de résultats
de synténie.
- Jeudi 4 Novembre 2004. Sébastien Aubourg
(Bioinformatique, URGVegetale, INRA, Evry). FLAGdb++,
un outil bioinformatique pour la génomique fonctionnelle des plantes.
- Jeudi 7 octobre 2004. Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi
(CGM, Gif./Yvette). Détermination de la localisation cellulaire des
protéines à partir de leurs séquences biologiques.
- Jeudi 10 juin 2004. Catherine Etchebest (Université Paris
VII, équipe de Bioinformatique Genomique et Moleculaire). Prédiction
des interactions dans les complexes de petites protéines de choc
thermique.
- Jeudi 25 mars 2004. Olivier Gascuel (LIRMM, Montpellier).
Arbres de duplication en tandem : modèle biologique, propriétés
combinatoires et algorithmes d'inférence.
- Jeudi 8 janvier 2004. Gilles Bernot (LaMI, Evry). Méthodes
formelles appliquées aux réseaux de régulation de René
Thomas.
- Jeudi 27 novembre 2003. Eytan Demany
(Weizmann Institute, Rehovot, et Institut Curie, Paris). Analysis of Gene
Expression Data: Applications to Studies of Cancer, Differentiation and Stem
Cells.
- Jeudi 6 novembre 2003. Stéphane Robin
(INA-PG). Modélisation de la répartition de motifs dans des
séquences biologiques.
- Jeudi 2 octobre 2003. Christophe Pichon (Biochimie
Pharmaceutique, Rennes). Identification de nouveaux ARN bactériens.
- jeudi 22 mai 2003. Alain Arnéodo (Laboratoire
de Physique, ENS Lyon). A la recherche d'informations structurales et dynamiques
dans les séquences ADN à l'aide des techniques ondelette.
- jeudi 24 avril 2003. Françoise
Livolant (LPS, Orsay). Le contrôle des interactions entre nucleosomes
: une forme de langage du génome ?
- Jeudi 27 mars 2003. Daniel Gautheret (TAGC,
Marseille). L'identification d'ARN non codants dans les génomes.
- Mardi 5 novembre 2002. Jacques van Helden (Service
de Conformation des Macromolécules Biologiques,Université
Libre de Bruxelles). Analyse de séquences régulatrices - Détection
de motifs et classification de gènes sur base de comptages de mots.
- Jeudi 2 mai 2002. Claude Thermes (Centre de Génétique
Moléculaire, Gif). Analyse multi-échelle des génomes
: relation avec la structure et la dynamique des nucléosomes.
- Jeudi 4 avril 2002. Jean-Paul Mornon (Laboratoire de Minéralogie
Cristallographie Paris). Courbures de l'espace des séquences protéiques
en tant qu'outil de leur décryptage.
- Jeudi 21 mars 2002. Philippe Bessières (MIG, INRA Versailles).
Nouvelles approches d'annotation de génomes et intégration
des connaissances
- Jeudi 14 février 2002. Bernard Prum (Statistique et Génome,
Evry). Emploi de chaînes de Markov cachées pour l'annotation
du génome.
- Lundi 10 décembre 2001. Philipp Bucher (ISB, Lausanne). Computational
modelling of a transcription factor binding site from over 4500 in vitro
selected target sequences.
- Jeudi 6 décembre 2001. Edward Trifonov (Weizmann Institute).
Protein structure and evolution: an entirely new picture
- Jeudi 8 novembre 2001. Serge Dulucq (LaBRI, Bordeaux). Algorithmique
de la comparaison de séquences et structures secondaires d'ARN.
- Jeudi 28 juin 2001. Domenico Libri (CGM) : La méthode SELEX
: de l'aléatoire au fonctionnel.
- Jeudi 3 mai 2001. Jacques Nicolas (IRISA, Rennes): Inférence
grammaticale pour la découverte de signatures de familles de séquences.
- Jeudi 8 mars 2001. Christine Froidevaux (LRI). Des banques de donnees
aux bases de donnees : cooperation et extraction de connaissances.
- Jeudi 25 janvier 2001. Alain Lecharny (IBP) : "La duplication des
gènes dans le génome nucléaire d'Arabidopsis thaliana".
- Jeudi 16 novembre 2000. Marie-Josée Daboussi (IGM): "Les
éléments transposables : des architectes du génome".
- Jeudi 19 octobre 2000. Sophie Laplante (LRI) : "Une introduction
à la théorie de l'information et à la complexité
de Kolmogorov"
- Jeudi 9 mars 2000. Edward Trifonov, (Department of Structural Biology,
The Weizmann Institute of Science) : Reading earliest history of life from
the genes. How it all started.
- Jeudi 27 janvier 2000. Dominique Barth (PRISM, Versailles) : Notions
d'algorithmique et d'optimisation combinatoire ou "Pourquoi nous aimons
les problèmes que nous pensons difficiles".
- Jeudi 16 décembre 1999. Jean-Pierre Rousset (IGM) : Dérapage,
signalisation non respectée, acrobaties : les surprises du décodage
du message génétique par le ribosome.
- Jeudi 25 novembre 1999. Annelies Braffort (LIMSI), Rachid Gherbi
(LIMSI), Fatima Kettaf (LIMSI), Claire Toffano-Nioche (IGM-LIMSI) : méthodes
a base d'apprentissage, reconnaissance de formes et application a l'analyse
des génomes.
- Jeudi 6 mai 1999. Alain Denise (LRI) : Bases de théorie des
langages appliquée à l'analyse des génomes.
- Mercredi 14 avril 1999. Michel Termier (IGM), Monique Bolotin-Fukuhara
(IGM), Moïse Pinto (IGM) : Eléments de génomique et génétique.
N'hésitez pas a nous
contacter pour toute remarque ou renseignement.
Michel Termier,
Alain Denise,
Rachid Gherbi,
Claire Toffano-Nioche.
Des liens vers des sites de Génomique, et une promenade guidée
pour informaticiens, par Moïse Pinto
Trois sites fondamentaux en Genomique:
Un quatrième site propose de très belles images 3D:
En fait, comme vous pourrez tres vite le constater, les tros premiers
sites ci-dessus comportent des ouvertures les uns vers les autres. Peut-etre,
a titre de premier exercice, je peux vous suggerer de faire un tour de piste
a partir d'un 4eme site "infobiogen": http://www.infobiogen.fr/
Faire le parcours suivant en regardant toutes les possibilites-liens-analyses
dans chaque page:
- depuis la Home page de Infobiogen, dans Liens activer "DEAMBULUM"
- dans Interrogation des bases de donnees activer "Genomes et Organismes"
- dans liste des organismes modeles activer "champignons"
- activer alors "Saccharomyces cerevisiae"
- presque au bas de la liste consacree a Saccharomyces cerevisiae
activer "Yeast SWISS-PROT list (ExPASY)"
- on se trouve alors dans une page index de Saccharomyces cerevisiae.
Au bas de cette page, apres le "7) Chromosome localization" on a un listing
de genes de l'organisme avec des entrees pour des analyses specifiques. Allez
a la 17eme ligne au gene de l'enzyme Aconitase appele par le symbole "ACO1";
sur cette ligne specifique activer "ACON Yeast"
- on se trouve alors avec la page SWISS-PROT consacree specifiquement
a la proteine en question qui se retrouve attribuee de l'index P 19414.
Toutes les caracteristiques de cette proteine enzymatique y sont avec en
bas de la page sa sequence en acides amines (alphabet a une lettre). Une
fois de plus (c'est un hasard), 17 lignes avant cette sequence activer "SWISS-3DIMAGE"
- en haut de la page on a alors plusieurs entrees pour des vues en
3 dimensions de la molecule, a condition de posseder des logiciels adequat
(on peut telecharger certains de ceux-ci a partir de ces memes entrees).
De maniere plus rapide on a, dans la rubrique"Images" 4 possibilites de representation
3D de la molecule grace a GIF ou JPEG.
Pour toute remarque sur cette page : Alain.Denise@lri.fr.