| Réaction catalysée par une enzyme |
Le fichier de configuration pour cette simulation est le suivant:
title = "Channeled enzymatic reactions";
molecule e2 (255, 255, 0),
e3 (200, 100, 0),
e4 (200, 80, 100),
s1 (200, 200, 200),
s2 (0, 255, 0),
s3 (0, 255, 255),
s4 (0, 0, 255),
s5 (100, 0, 200) [5000];
membrane e1 (255, 0, 0);
speed (e1) = 0.02;
speed (e2) = 0.1;
speed (e3) = 0.1;
speed (e4) = 0.1;
maxlinks (e1) = s1(1), e2(1);
maxlinks (e2) = s2(1), e1(1), e3(1);
maxlinks (e3) = s3(1), e2(1), e4(1);
maxlinks (e4) = s4(1), e3(1);
maxlinks (s1) = e1(1);
maxlinks (s2) = e2(1);
maxlinks (s3) = e3(1);
maxlinks (s4) = e4(1);
// réactions.
s1 + e1 -> s1 * e1 [0.6];
{s1}e1 + e2 -> e1 * e2 [0.9];
{~s1}e1 * e2 -> e1 + e2 [0.0001];
{e1}s1 + {e1}e2 -> s2 * e2 [1.0];
{e2}e1 * {e2}s2 -> e1 + s2 [1.0];
// ___________________________________________________________________
{s2}e2 + e3 -> e2 * e3 [0.9];
{~s2}e2 * e3 -> e2 + e3 [0.0001];
{e2}s2 + {e2}e3 -> s3 * e3 [1.0];
{e3}e2 * {e3}s3 -> e2 + s3 [1.0];
// ___________________________________________________________________
{s3}e3 + e4 -> e3 * e4 [0.9];
{~s3}e3 * e4 -> e3 + e4 [0.0001];
{e3}s3 + {e3}e4 -> s4 * e4 [1.0];
{e4}e3 * {e4}s4 -> e3 + s4 [1.0];
s4 * e4 -> s5 + e4 [0.1];
s5 * e1 -> s5 + e1 [1.0];
s5 * e2 -> s5 + e2 [1.0];
s5 * e3 -> s5 + e3 [1.0];
// initialisation.
init (750, s1);
init (64, e2);
init (64, e3);
init (64, e4);
surface (e1);
|
