Le modèle utilise ici est issu de l'article:

Lemond B. Kier, Danail Bouchev and Gregory A. Buck (2005)
Modeling Biochemical Networks: A Cellular-Automata Approach.
Chemistry & Biodiversity, Verlag Helvetica Chimica Acta:2:233-243

On a utilisé les mêmes concentrations et les mêmes cinétiques que dans l'exemple dont les courbes d'évolution sont montrées dans la figure 2 de l'article cité.

On peut voir ici que les courbes obtenues sont très semblables:

HSIM	Kier CA (Fig. 2)

  Le fichier de configuration pour ce modèle est le suivant:

 

title = "MAPK signalling cascade"; molecule A, B, C, D, E, F, G, H, E1, E2, E3, E4; /* * Symbol Meaning * ----------------------- * A MAPKKK * B MAPKKK* activated * C MAPKK * D MAPKK-P Monophosphorylated MAPKK * E MAPKK-PP Diphosphorylated MAPKK * F MAPK * G MAPK-P Monophosphorylated MAPK * H MAPK-PP Diphosphorylated MAPK */ maxlinks (E1) = A(1), B(1); maxlinks (E2) = A(1), B(1); maxlinks (E3) = C(1), D(1), E(1); maxlinks (E4) = F(1), G(1), H(1); maxlinks (A) = E1(1), E2(1); maxlinks (B) = E1(1), E2(1), C(1), D(1), E(1); maxlinks (C) = B(1), E3(1); maxlinks (D) = B(1), E3(1); maxlinks (E) = B(1), G(1), E3(1), F(1), H(1); maxlinks (F) = E(1), E4(1); maxlinks (G) = E(1), E4(1); maxlinks (H) = E(1), E4(1); A + E1 -> A * E1 [0.1]; A * E1 -> B * E1 [0.1]; B * E1 -> B + E1 [0.1]; B + E2 -> B * E2 [0.1]; B * E2 -> A * E2 [0.1]; A * E2 -> A + E2 [0.1]; C + B -> C * B [0.1]; C * B -> D * B [0.1]; D * B -> D + B [0.1]; D + B -> D * B [0.1]; D * B -> E * B [0.1]; E * B -> E + B [0.1]; D + E3 -> D * E3 [0.1]; D * E3 -> C * E3 [0.1]; C * E3 -> C + E3 [0.1]; E + E3 -> E * E3 [0.1]; E * E3 -> D * E3 [0.1]; D * E3 -> D + E3 [0.1]; F + E -> F * E [0.1]; F * E -> G * E [0.1]; G * E -> G + E [0.1]; G + E -> G * E [0.1]; G * E -> H * E [0.1]; H * E -> H + E [0.1]; G + E4 -> G * E4 [0.1]; G * E4 -> F * E4 [0.1]; F * E4 -> F + E4 [0.1]; H + E4 -> H * E4 [0.1]; H * E4 -> G * E4 [0.1]; G * E4 -> G + E4 [0.1]; init (50, E1); init (10, E2); init (10, E3); init (10, E4); init (100, A); init (300, C); init (300, F);