Laboratoire de Recherche en Informatique
- Equipe Bioinformatique
Yann PontyIdentité
Centres d'intérêtEntre 2003 et 2006, dans le cadre de ma thèse encadrée par Alain Denise, et dont voici le sujet initial, je me suis intéressé à la modélisation du "bruit de fond" dans les séquences d'intérêt en biologie. Plus particulièrement, j'ai cherché à quantifier l'impact d'un tel phénomène sur les outils de traitement de séquences génomiques. Cela m'a amèné à étudier, soit théoriquement grâce à l'utilisation d'outils issus de la combinatoire énumérative, soit expérimentalement à travers la conception et l'utilisation d'algorithmes de génération aléatoire, les propriétés de modèles discrets parmi lesquels les structures secondaires d'ARN, les langages non-contextuels et les marches aléatoires contraintes. Entre 2006 et 2008, dans le cadre d'un postdoc au Boston College, j'ai étudié quelques aspects algorithmiques et énumératifs liés à la structure de l'ARN. Plus précisément, j'ai énuméré et engendré des représentations haut niveau de la structure d'ARN à (Structures secondaires, RNA Shapes) et proposé des approches algorithmiques pour les problèmes de la comparaison (DIAL) et de la discrétisation (LocalMove) de structures 3D d'ARN. Au cours du deuxième semestre 2008, j'ai poursuivi mes recherches en biologie structurale in silico au sein du groupe d'A. Carbone. Mon objectif consistait à interfacer des méthodes évolutives (Prédiction de sites d'interface-Outil JET) et structurales (Prédiction de sites de docking-Outil MAXDO) afin de permettre la prédiction à grande échelle des partenaires d'interactions protéine/protéine . Ces travaux ont permis une analyse des données produites lors d'une exécution préalable de l'approche sur 148 protéines, et une préparation des données en vue du lancement en Mars 2009 de l'approche sur la grille mondiale communautaire d'IBM. Actuellement, dans le cadre d'un postdoc au sein du projet ANR GAMMA je retourne à mes premiers amours, la génération aléatoire et l'analyse d'algorithmes adaptées à un contexte biologique. En particulier, j'étudie au sein de l'équipe APR dirigée par M. Soria l'adaptation de la génération aléatoire de Boltzmann aux formalismes pondérés utiles pour une modélisation des objets rencontrés en biologie. Par ailleurs, ces pondérations induisent des distributions gaussiennes de faible variance sur les nombres d'occurrences des différents types de lettres (ou bien symboles, ou atomes) engendrées. Publications
Enseignements2003-2004 : IUT d'Orsay
2004-2005 : IUT d'Orsay
2005-2006 : IUT d'Orsay
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