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Equipes
Bioinformatique (BioInfo)

Composition de l'équipe
  Responsable
    DENISE Alain

  Membres permanents
    AMAR Patrick
    COHEN-BOULAKIA Sarah
    DENISE Alain
    FROIDEVAUX Christine
    JAY Flora
    LABEDAN Bernard
    PAULEVE Loïc
    PERES Sabine
    PIERROT Adeline

  Membres non-permanents
    ANDRIEU Pierre
    DA VEIGA MOREIRA Jorgelindo
    MOULIN Cécile
    ROVETTA Christelle
    WANG Wei
    ZAHARIA Alexandra

  Visiteurs
    MILOSZ Robin

  Associés
    AZE Jérôme
    BERNAUER Julie
    HAAR Stefan
    IAKOVISHINA Daria
    LESPINET Olivier
    MANDON Hugues
    PONTY Yann
    REGNIER Mireille

  Stagiaires
    LEVY Nicolas

Activités de recherche
  Biologie des systèmes
  Biologie structurale

Logiciels et brevets
  GenRGenS : Generation of Random Genomic Sequences and Structures
  VARNA : Visualisation Applet for RNA
  HSIM : Hyperstructure Simulator
  BioGuide : Guiding scientists through biological sources
  GenoQuery : Querying genomic data warehouse
  NestedAlign : Pairwise RNA secondary structure comparison
  Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs
  GeneValorization : L'importance des gènes en un clin d'oeil
  Cartaj : Classification Of RNA threeway Junctions
  SPFlow : Rewriting a non SP workflow into an SP workflow while preserving provenance
  Pint : Static analyzer for dynamics of Automata Networks
  ConQuR-Bio : ConQuR-Bio
  Causalex : Causality Graph Explorer

Collaborations
  Swiss Institute of Bioinformatics (Genève)

Thèses et habilitabions récentes
  Méthodes qualitatives pour la construction et l'analyse de réseaux moléculaires SBGN
  Conception, modélisation et simulation in silico d’un nanosystème biologique artificiel pour le diagnostic médical
  Agrégation de classements avec égalités : algorithmes, guides à l'utilisateur et applications aux données biologiques

Séminaires
Approximate Bayesian Computation and Random Forests to investigate population genetics and population linguistics.
Valentin Thouzeau
Jeu. 14 décembre 2017 - 14h30


SBGNlog: a logical framework based on SBGN to reason on molecular networks
Adrien Rougny
Jeu. 30 novembre 2017 - 14h30


Parsimony meets our understanding of recent human evolution: from phylogenetic trees to admixture galore
Luca Pagani
Jeu. 23 novembre 2017 - 14h30


Evolutionary genomics of integrons and conjugative elements
Jean Cury
Jeu. 19 octobre 2017 - 00h00


Modélisation énergétique qualitative de l'organisme humain assimilé à un système dynamique
Marc Irigoin-Guichandut
Jeu. 21 septembre 2017 - 14h30


Salle 465 - Direct-Coupling Analysis of nucleotide coevolution facilitates RNA secondary and tertiary structure prediction
Martin Weigt
Jeu. 18 mai 2017 - 16h00


Causal Network Inference for Biology Workshop - Amphi Dig. Shannon
H. Isambert, O Goudet, L. Paulevé
Lun. 27 février 2017 - 09h45


Comprehensive and Formal Modelling Platform for Biological Processes
David Safranek
Jeu. 02 février 2017 - 14h30


Dynamic metabolic model of yeast for lipid production
Jorgelindo da Veiga Moreira
Jeu. 17 novembre 2016 - 14h30


Assessing the robustness of predictions algorithms for ancestral adjacencies
Yann Ponty
Jeu. 11 février 2016 - 14h30


Counting, generating and sampling tree alignments
Julien Courtiel
Jeu. 14 janvier 2016 - 11h00


Biological Network inference by quantitative and nonparametric modeling
Florence d’Alché-Buc
Jeu. 19 novembre 2015 - 00h00


Perturbations of PIP3 signalling trigger a global remodelling of mRNA landscape and reveal a transcriptional feedback loop
Nicolas Le Novère
Mer. 28 octobre 2015 - 00h00


Formal Modeling, Data Integration and Quantitative Verification of large-scale cell-based models.
Louis Fippo Fitime
Jeu. 08 octobre 2015 - 00h00


Navigating in a Sea of Repeats in RNA-seq Without Drowning
Blerina Sinaimeri
Jeu. 23 avril 2015 - 14h30


Derivation of dynamical qualitative models from biochemical networks
Wassim Abou-Jaoudé
Jeu. 09 avril 2015 - 14h30


Handling large logical models: the role of model reduction
Aurélien Naldi
Jeu. 19 mars 2015 - 14h30


Protein-protein interactions in a crowded environment: an analysis via cross-docking simulations and evolutionary information
Anne Lopes
Jeu. 12 mars 2015 - 14h30


Programmer et compiler les fonctions de biologie de synthèse
Franck Deleplace
Jeu. 12 février 2015 - 14h30


Metabolic graph for the research of conserved pathways of chemical transformations
Maria Sorokina
Jeu. 18 décembre 2014 - 14h30


From a biological question to a mathematical model: an example of patterns of genetic alterations in bladder tumorigenesis
Laurence Calzone
Jeu. 04 décembre 2014 - 14h30


Logical modelling of cell fate decisions
Denis Thieffry
Jeu. 20 novembre 2014 - 14h00


Multiple network alignment via data fusion
Noël Malod-Dognin
Jeu. 13 novembre 2014 - 15h00


Stringology, Data Compression and Biology
Jan Holub
Jeu. 25 septembre 2014 - 14h00


La coopération symbiotique métabolique des cellules au sein des cancers
Philippe Icard
Jeu. 26 juin 2014 - 14h00


Minimal conditions for proto-cell stationary growth
Erwan Bigan
Jeu. 19 juin 2014 - 14h00


Modéliser et intégrer des informations hétérogènes sur la réponse d un système biologique
Anne Siegel
Jeu. 12 juin 2014 - 14h00


Combining machine learning approaches for functional annotation and classification of remote homologous proteins, and for the analysis of microarray data
Juliana Bernardes
Jeu. 17 avril 2014 - 14h00


Apport de la modélisation pour le traitement du cancer métastatique, résultats cliniques
Laurent Schwartz
Jeu. 10 avril 2014 - 14h00


Constraint-based analysis of metabolic networks
Alexander Bockmayr
Jeu. 06 mars 2014 - 14h00


Mathematical modeling of miRNA-mediated mechanisms of translation regulation
Andrei Zinovyev
Jeu. 05 décembre 2013 - 14h30


Recent and future work on discrete reaction networks, RNA dynamics, spatial simulation, and qualitative networks
Loïc Paulevé
Jeu. 03 octobre 2013 - 14h00


Translating the SBGN-AF language into logic to analyze signalling networks
Adrien Rougny
Jeu. 26 septembre 2013 - 15h00


Ranking biological data: Designing and combining ranking algorithms
Bryan Brancotte
Jeu. 20 juin 2013 - 14h00


SV-Bay algorithm
Daria Iakovishina
Jeu. 13 juin 2013 - 14h00


Scientific workflows: Applications and optimization
Ulf Leser
Jeu. 04 avril 2013 - 14h30


From protein structure prediction to non-coding RNA identification
Van Du TRAN Thong
Jeu. 28 mars 2013 - 14h30


Inférence de réseaux biologiques par noyaux à valeur opérateur
Florence d'Alché-Buc
Jeu. 14 mars 2013 - 14h00


Modèle multi-échelle et multi-physique pour la simulation et la modélisation moléculaire interactive.
Nicolas Ferey
Jeu. 21 février 2013 - 14h00


Application of Expressive Statistical Model Checking to the analysis of biological stochastic models
P. Ballarini
Jeu. 14 février 2013 - 14h30


Gene Family Assignment-Free Comparative Genomics
Annelyse Thévenin
Jeu. 29 novembre 2012 - 14h30


RNA folding with pseudoknots: Intractable, honestly?
Yann Ponty
Jeu. 25 octobre 2012 - 14h00


Modeling RNA by hierarchical natural moves
Adelene Sim
Jeu. 18 octobre 2012 - 15h00


Protein-protein interactions: co-evolution, prediction and design
Jessica Andreani-Feuillet
Jeu. 18 octobre 2012 - 14h00


Adjustable Chain Trees for Proteins
Rasmus Fonseca
Jeu. 20 septembre 2012 - 14h00


Integrating chemical footprinting data into RNA secondary structure prediction
Peter Clote
Jeu. 14 juin 2012 - 14h30


Ensemble Predictions of beta-sheet Protein Structures
Jérôme Waldispuhl
Jeu. 24 mai 2012 - 14h00


Enjoy Dynamic Programming in Bellman's GAP
Robert Giegerich
Mer. 16 mai 2012 - 14h00


Sequence-based identification of RNA 3D structural modules
José Cruz Almeida
Jeu. 10 mai 2012 - 14h30


Protein folding, unfolding, and ligand docking by computer simulations
Yuko OKAMOTO
Jeu. 29 mars 2012 - 14h00


Characterizing the Morphology of Protein Binding Patches
Noël Malod-Dognin
Jeu. 08 mars 2012 - 14h30


Predicting copy number changes and structural variants in cancer genomes using next-generation sequencing data
Valentina Boeva
Jeu. 02 février 2012 - 14h30


From sequence to structure: Detecting RNA structural modules on sequences
José Almeida Cruz
Jeu. 12 janvier 2012 - 14h30


Computational Structural Biology: Its Birth and Future
Michael Levitt
Lun. 28 novembre 2011 - 14h30


Graphite-MicroMégas, a tool for DNA modeling
Samuel Hornus
Jeu. 10 novembre 2011 - 14h30


Prédire des noeuds dans les ARN avec des hypergraphes...
Yann Ponty
Jeu. 15 septembre 2011 - 14h00


An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure
Yann Ponty
Mer. 13 juillet 2011 - 14h00


Recent results on RNAomics
Peter Clote
Mer. 13 juillet 2011 - 11h00


Systematic analysis of large-scale networks Investigating biological functions to link genotype and phenotype
Magali Michaut
Jeu. 07 juillet 2011 - 14h00


UniProtKB and the processes of protein biocuration.
Lionel Breuza
Jeu. 16 juin 2011 - 14h00


Génomique comparée et Fouille de données enzymatiques.
Olivier Lespinet
Jeu. 09 juin 2011 - 14h00


Study of positions of genes to better understand driver mutations
Annelyse Thévenin
Jeu. 26 mai 2011 - 14h00


The microRNA Mastermind for Cancer
Stefan Vagner
Jeu. 31 mars 2011 - 14h00


TBA (Sujet: Data mining and computational Biology)
Tu Bao Ho
Lun. 28 mars 2011 - 11h00


Discovering Patterns of Data Anomalies: A New Perspective for Quantitative Data Cleaning
Laure Berti-Equille
Jeu. 24 mars 2011 - 14h00


Determinants of protein affinity and promiscuity for in-silico engineering of biological circuits and devices
Pablo Carbonell
Jeu. 17 mars 2011 - 14h00


MicroScope: a platform for microbial genome annotation and comparative genomics
Claudine Médigue
Jeu. 03 mars 2011 - 14h00


The complete genome of Propionibacterium freudenreichii CIRM 1, a hardy actinobacterium with food and probiotic applications
Hélène Falentin
Jeu. 10 février 2011 - 14h00


Consensus and Energy-based Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins
Saad Sheikh
Jeu. 27 janvier 2011 - 13h30


Optimisation of stochastic processes as an extension of stochastic verification.
Sylvain Pradalier
Jeu. 02 décembre 2010 - 14h00


Colloquium LIX
Colloquium LIX
Lun. 08 novembre 2010 - 09h00


Investigating conformational changes of biological macromolecules using multi-resolution Markov State Models
Xuhui Huang
Jeu. 07 octobre 2010 - 15h00


Sur la médiane de m permutations
Sylvie Hamel
Jeu. 30 septembre 2010 - 14h00


Modeling macromolecular structure and dynamics with RNABuilder
Samuel Flores
Lun. 06 septembre 2010 - 14h00


Towards Reproducible Science with Scientific Workflows and Provenance
Bertram Ludäscher
Lun. 26 juillet 2010 - 10h00


TBA
Peter Clote
Jeu. 01 juillet 2010 - 14h00


Scalable Inference and Matching of Object Annotations
Ambuj Singh
Jeu. 10 juin 2010 - 14h00


Knowledge Management in Bioinformatics @ Humboldt
Ulf Leser
Jeu. 27 mai 2010 - 14h00


The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
Antonio Mucherino
Jeu. 29 avril 2010 - 15h30


Eléments transposables et Bioinformatique
Sébastien Tempel
Jeu. 29 avril 2010 - 14h00


BioPsi: a formal description of biological processes based on elementary bricks of actions
Sabine Pérès
Jeu. 22 avril 2010 - 14h00


Prédiction de nouveaux microARN dans les génomes
Anthony Mathelier
Jeu. 01 avril 2010 - 14h00


Transcriptome of the Human Polymerase III.
Galina Boldina
Jeu. 11 mars 2010 - 14h00


Thermodynamics of RNA structures by Wang-Landau sampling
Feng LOU
Jeu. 11 février 2010 - 14h00


Evolution des récepteurs couplés aux protéines G de classe A
Marie Chabbert
Jeu. 28 janvier 2010 - 14h00


Prédiction à gros-grain de la structure tridimensionnelle de l'ARN
Alexis Lamiable
Jeu. 21 janvier 2010 - 15h00


Apprentissage d'automates pour la modélisation de familles de protéines
Francois Coste
Jeu. 14 janvier 2010 - 14h00


New concepts and approaches in RNA Structural Bioinformatics
N. Leontis
Mar. 08 décembre 2009 - 14h00


Caractérisation de sites de recodage par une approche de génomique comparative
Thomas Moncion
Jeu. 26 novembre 2009 - 14h00


Structural classification of alpha-helical membrane proteins
Sindy Neuman
Jeu. 19 novembre 2009 - 14h00


Aspects algorithmiques des réarrangements génomiques : duplications et ordres partiels.
Annelyse Thévenin
Mar. 03 novembre 2009 - 10h30


Modélisation 3D d'interactions entre protéines et ARN structuré ou non structuré: méthodes et applications
Fabrice Leclerc
Jeu. 29 octobre 2009 - 14h00


Profil transcriptionel de l'hétérochromatine : impact des éléments transposables
Matthias Zytnicki
Jeu. 24 septembre 2009 - 14h00


Geometry for the structural modelling of biomolecules: the protein, complex and RNA structure examples
Julie Bernauer
Jeu. 10 septembre 2009 - 14h00


Sampling of RNA Secondary Structure to Predict the Density of States
Feng LOU
Ven. 03 juillet 2009 - 14h00


Comparaison de génomes partiellement ordonné
Annelyse Thévenin
Jeu. 02 juillet 2009 - 14h00


An adaptive combination of matchers: application to the mapping of biological ontologies for genome annotation
Bastien Rance
Jeu. 25 juin 2009 - 15h30


Enumération de structures d'ARN avec pseudo-noeuds
Cédric Saule
Jeu. 25 juin 2009 - 14h00


Comparaison de voies métaboliques entre espèces : similarité sémantique des annotations GO associées
Olivier Dameron
Jeu. 16 avril 2009 - 14h00


Métagénomique des microorganismes non cultivés du plancton océanique profond
Puri Lopez
Ven. 10 avril 2009 - 10h00


Two case studies: Prediction and Classification of biological molecular structures
Guillaume Santini
Jeu. 09 avril 2009 - 15h30


Méthodes formelles et modélisation
Fabien Tarissan
Jeu. 09 avril 2009 - 14h00


Une nouvelle approche du Docking protéine-protéine
Thomas Bourquard
Ven. 27 mars 2009 - 14h00


Robustesse environnementale des réseaux de régulation : théorie et application.
Sylvain Séné
Ven. 20 mars 2009 - 14h00


Le projet BRASERO
Alain Denise
Ven. 13 mars 2009 - 14h30


Classification de structures ARN avec pseudonoeuds
Cédric Saule
Jeu. 05 février 2009 - 14h00


Application des banques de données de familles de gènes à l'étude des transferts horizontaux chez les procaryotes
Guy Perrière
Lun. 08 décembre 2008 - 14h45


Intégration, Interrogation et Analyse de données de génomique comparative
Frédéric Lemoine
Jeu. 04 décembre 2008 - 14h00


PlasmoDraft: prédictions d'annotations fonctionnelles des gènes de Plasmodium falciparum à partir de données post-génomiques
Laurent Bréhélin
Jeu. 27 novembre 2008 - 14h30


Phylo-MCOA : Visualiser la concordance entre arbres de gènes en phylogénomique.
Damien de Vienne
Jeu. 20 novembre 2008 - 14h00


Identification des gènes du groupe d'orthologie le plus conservé au sein de la famille des gènes WOX de plantes : un exemple où l'analyse de séquences guide la paillasse
Claire Toffano-Nioche
Jeu. 13 novembre 2008 - 14h00


Recherche de patterns fermés fréquents dans des DAGs : application à la découverte de réseaux d'interactions gènes.
Alexandre Termier
Jeu. 05 juin 2008 - 14h00


Algorithms for exploring the mutation landscape of RNA molecules
Jérôme Waldispuhl
Jeu. 29 mai 2008 - 14h00


Réduction de dimension et classification de données issues de puces à ADN.
Blaise HANCZAR
Jeu. 03 avril 2008 - 14h00


Algorithmique pour la comparaison de structures biologiques arborescentes
Aïda Ouangraoua
Jeu. 27 mars 2008 - 14h00


A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
Mahassine Djeloul
Jeu. 20 mars 2008 - 14h00


Analyse et optimisation des techniques d'échantillonage statistique pour la structure d'ARN
Yann Ponty
Mer. 19 mars 2008 - 14h00


Queries on Biological Graphs
Ulf Leser
Ven. 15 février 2008 - 14h00


Résultats majeurs
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
16 août 2012
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Theoretical Computer Science (2012), DOI 10.1016/j.tcs.2012.07.025

A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency
25 mars 2008
By Patrick Amar et Al. BMC Systems Biology 2008, 2:27

Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures
29 novembre 2008
Mahassine Djelloul and Alain Denise. RNA December 2008 14: 2489-2497.

Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
11 février 2012
Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Éric Westhof. Computational Biology and Chemistry 37 (2012) 1–5

Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
01 juin 2010
Claire Herrbach, Alain Denise and Serge Dulucq. Theoretical Computer Science 411 (2010) 2423-2432.

Cell-cell communication enhances the capacity of cell ensembles to sense shallow gradients during morphogenesis
09 février 2016
D. Ellison, A. Mugler, M.D. Brennan, S.H. Lee, R.J. Huebner, E.R. Shamir, L.A. Woo, J. Kim, P. Amar, I. Nemenman, A.J. Ewald and A. Levchenko

Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales. Vic NORRIS and Patrick AMAR
29 octobre 2012
Life 2012, 2(4), 286-312; doi:10.3390/life2040286

Computing with Synthetic Protocells
13 mai 2015
Alexis Courbet, Franck Molina and Patrick Amar

Coverage-biased random explo-ration of large models and application to testing
27 mars 2011
A. Denise, M.-C. Gaudel, S.-D. Gouraud, R. Lassaigne, J. Oudinet S. Peyronnet, STTT: Int. Jal on SOFTWARE TOOLS FOR TECHNOLOGY TRANSFER, DOI: 10.1007/s10009-011-0190-1

Exploration Uniforme de très grands modèles
06 novembre 2007
Un nouvel algorithme permet de tirer uniformément des traces dans de très grands modeles de systèmes parallèles.

GenoQuery: a new querying module for functional annotation in a genomic warehouse
01 juillet 2008
Frédéric Lemoine, Bernard Labedan and Christine Froidevaux in Bioinformatics, 2008, 24(13):i322-9

Le logiciel VARNA à l'honneur
15 juillet 2011
Le logiciel VARNA est distingué dans le rapport scientifique 2010 du CNRS.

Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene in Streptomyces lividans.
02 mai 2013
Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle and Patrick Amar

Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton: the cytoskeleton as a metabolic sensor
26 février 2013
Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier and Judit Ovádi

The Average Complexity of Tree Alignment
28 janvier 2008
Nous avons démontré que la complexité moyenne de l'algorithme d'alignement d'arbres de Jiang, Wang et Zhang (1995) est en O(n^2).

The Mimic Chain Reaction. V. Norris, A. Thierry, P. Amar, B. Holland, F. Molina
05 décembre 2012
J Mol Microbiol Biotechnol 2012;22:335-343 (doi: 10.1159/000345328)

Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
07 août 2012
Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, and Alain Denise. WABI 2012.

Logiciels et brevets