/********************************************************************************** * A weighted grammar for the stem loops inside secondary structures of RNA * * Where : * * a(resp. b) stands for a paired base on 5'(resp. 3') * * e stands for a base inside the terminal loop * * c stands for a base inside a bulge * * d stands for a base inside an internal loop * **********************************************************************************/ // Grammaire des tiges boucles - 3 paramètres // Paramètre w(e) : Poids des bases dans la boucle terminale // Paramètre w(c) : Poids d'une base dans un bulge // Paramètre w(d) : Poids d'une base dans une boucle interne TYPE=GRAMMAR RULES = S -> a S b; S -> a Bulge S b; S -> a S Bulge b; S -> a Int S Int b; S -> a Loop b; Bulge -> c Bulge; Bulge -> c; Int -> d Int; Int -> d; Loop -> e Loop; Loop -> e;