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Production scientifique
Logiciel GeneValorization


GeneValorization - L'importance des gènes en un clin d'oeil
Date de dernière version : 01 janvier 2014

Responsable : COHEN-BOULAKIA Sarah


L'ensemble des technologies à haut débit existant aujourd'hui permet d'étudier de nouveaux aspects de la biologie. Chacune fournit des informations fondamentales sur des milliers de gènes.
La plupart des laboratoires de recherche en biologie utilise ces technologies et identifie ainsi de façon quotidienne des listes de gènes d'intérêt particulier.
Face à la croissance exponentielle du nombre de publications pertinentes pour un ou plusieurs gènes, il devient de plus en en plus urgent d'aider les médecins et biologistes à accéder à l'ensemble des publications existantes pour un ensemble de gènes d'interet.

Ici, nous introduisons GeneValorization, un outil (application Java) qui vise à exploiter au mieux les efforts de text mining et data mining effectués sur les articles scientifiques.
GeneValorization donne rapidement un aperçu très clair et synthétique de la bibliographie disponible associée à une liste de gènes.

Nouveau (Septembre 2013)
Extraction automatique d'une liste de gènes à partir du filtre principal depuis PubMed Central ou l'EBI
Ajout de listes de gènes et mots clés par glisser-déplacer depuis vos fichiers
Ajout de gènes et mots clés par glisser-déplacer d'un texte sélectionné depuis une page web ou un fichier. (cf. ci contre)
Et toujours
Module de d'aide à la suppression d'ambiguité dans les noms de gènes
Prise en entrée d'identifiants EntrezGene
Association des mots clés fournis à des termes de l'ontologie MeSH
Extraction des ids d'EntrezGene correspondant aux noms de gènes fournis par l'utilisateur
...

Pour en savoir plus: http://www.bioguide-project.net/gv/

Logiciel



Activités de recherche
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  Bioinformatique

Membres
  COHEN-BOULAKIA Sarah
  BRANCOTTE Bryan

Equipe
  Bioinformatique

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Query Intermediate Representation Library

CARNAVAL
Database of RNA Recurrent Interaction Networks

PINT
Static analyzer for dynamics of Automata Networks