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Présentation
M. DENISE Alain
DENISE Professeur classe exceptionnelle
Université Paris-Sud
Bioinformatique

Tel : (+33 1691)56369
Fax : (+33 1691)56586
Bureau : 167/PCRI-S

Page personnelle : http://www.lri.fr/~denise/
Courrier électronique : Alain.Denise@lri.fr

Activités de recherche
   - Combinatoire
   - Biologie des systèmes
   - Biologie structurale

Publications




Responsabilités administratives
   - Membre du conseil de laboratoire
   - Membre de la CCSU
   - Responsable d'équipe
   - Président du département Informatique


Résultats majeurs
   - Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
   - Le logiciel VARNA à l'honneur
   - Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
   - Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
   - A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages

Logiciels et brevets
   - GenRGenS : Generation of Random Genomic Sequences and Structures
   - VARNA : Visualisation Applet for RNA
   - NestedAlign : Pairwise RNA secondary structure comparison
   - Rna3Dmotif : Software for extracting RNA tertiary motifs
   - Cartaj : Classification Of RNA threeway Junctions
   - ConQuR-Bio : ConQuR-Bio


Thèses et habilitations
Habilitation à diriger des recherches   - Structures aléatoires, modèles et analyse des génomes