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Equipes
Bioinformatique


Mots-clés:
  - Intégration d'informations
  - Ontologies
  - Fouille de données
  - Workflows

Equipes


Equipes-projets Inria communes


Resultats majeurs
  The Average Complexity of Tree Alignment
  A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency
  GenoQuery: a new querying module for functional annotation in a genomic warehouse
  Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures
  Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
  Le logiciel VARNA à l'honneur
  Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
  Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
  Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales. Vic NORRIS and Patrick AMAR
  The Mimic Chain Reaction. V. Norris, A. Thierry, P. Amar, B. Holland, F. Molina
  Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton: the cytoskeleton as a metabolic sensor
  Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene in Streptomyces lividans.

Contrats
  RAFALE
  MICROBIOGENOMICS
  Brasero
  RNA-RECOD
  PASAPAS
  Bioinformatique et Biomathémati
  RegRNAs

Logiciels et brevets
  GenRGenS
  VARNA
  HSIM
  BioGuide
  Sequential Nuggets of Knowledge - DeeVee
  GenoQuery
  NestedAlign
  Rna3Dmotif
  GeneValorization
  Cartaj
  SPFlow
  SPChecker

Collaborations
  Swiss Institute of Bioinformatics (Genève)

Membres
  AZE Jérôme
  HERRBACH Claire
  GENTILS Lucie
  ZHOU Yu
  RANCE Bastien
  LEMOINE Frédéric
  SAULE Cédric
  THEVENIN Annelyse
  TOFFANO-NIOCHE Claire
  DJELLOUL Mahassine
  PONTY Yann
  LOU Feng
  ASLAOUI-ERRAFII Zahira
  RINAUDO Philippe
  MEUNIER David

Thèses et habilitations
  Etude algorithmique et statistique de la comparaison de structures secondaires d'ARN
  Intégration d'informations pour les bases de données génomiques
  Structures aléatoires, modèles et analyse des génomes
  Approches bioinformatiques pour l'étude de la structure et de la régulation des ARN
  "Recherche d'associations séquentielles et alignement d'ontologies biologiques."
  Intégration, Interrogation et analyse de données de génomique comparative
  Modélisation de la complexité et de la dynamique des simulations entités centrées. Application pour l'analyse des phénomènes émergents
  Aspects Algorithmiques des Réarrangements Génomiques : Duplications et ordres partiels


Activités de recherche
° Algorithmes pour les grands volumes de données distribuées
° Algorithmique des systèmes en réseau
° Algorithmique distribuée
° Architectures parallèles
° biologie de synthese
° Biologie des systèmes
° Biologie structurale
° biologie synthetique
° Calcul à haute performance
° Calcul quantique
° Calibration d'algorithmes (sélection, ajustement d'hyper-paramètres)
° Codage réseau
° Collaboration médiatisée
° Combinatoire
° Compilation et optimisation des programmes
° Décision optimale en contexte incertain
° Définition de nouveaux critères
° Démonstration automatique, SMT et applications
° Formalisation de langages (de spécification et de programmation) dans les assistants de preuve
° Formalisation et preuves de programmes numériques
° Gestion de données du Web
° Ingénierie des systèmes interactifs
° Intégration de données et de connaissances
° Interaction Homme-Machine
° Langages et systèmes centrés données