Français Anglais
Accueil Annuaire Plan du site
Accueil > Production scientifique > Thèses et habilitations
Production scientifique
Doctorat de

Doctorat
Equipe :

Évaluation de l’atrophie et de la charge lésionnelle sur des séquences IRM de patients atteints de sclérose en plaques.

Début le 01/11/2005
Direction :

Ecole doctorale : ED STIC 580
Etablissement d'inscription : vide

Lieu de déroulement : Equipe-Projet Asclépios - INRIA Sophia Antipolis

Soutenue le 21/01/2009 devant le jury composé de :
Rapporteurs : Jean-Paul Armspach - Univ. de Strasbourg (LINC)
Christian Barillot - IRISA (VisAGeS)
Directeur : Grégoire Malandain - INRIA (Asclépios)
Examinateur : Sébastien Ourselin - UCL (CMIC)
Invitée : Christine Lebrun - CHU de Nice (Neurologie)

Activités de recherche :

Résumé :
L'objectif de cette thèse est d'analyser une base de données d'images de
résonance magnétique (IRM) cérébrales de patients atteints de sclérose en plaques
(SEP). Dans ce but, deux marqueurs IRM ont été choisis (la charge lésionnelle et
l'atrophie). Ceux-ci peuvent être évalués manuellement par le clinicien. Cependant,
ces mesures sont fastidieuses et sujettes à une grande variabilité intra- et interexperts. L'enjeu de cette thèse est donc d'automatiser ces mesures.
Cette automatisation commence par l'amélioration et/ou la proposition de nouveaux algorithmes semi-automatiques. Ceux-ci permettent d'obtenir plus rapidement et de manière contrôlée par l'expert des mesures de référence auxquelles pourront être confrontés les résultats de méthodes automatiques. Concernant ces dernières, de nouvelles méthodes ont été proposées. Leurs réalisations se décomposent
en trois parties.
Tout d'abord, une chaîne de traitement visant à segmenter les diérents compartiments (substance blanche, substance grise et liquide céphalo-rachidien) a été
mise en place. Ensuite, les segmentations produites par cette chaîne ont été utilisées pour calculer automatiquement un seuil à appliquer sur une séquence IRM
pour obtenir une segmentation des lésions. Cette approche est reprise de la littérature mais deux nouvelles versions en sont ici proposées. La première segmente les
lésions du cortex, la seconde celles du cervelet. Enn, les segmentations obtenues
par la chaîne de traitement sont utilisées pour calculer la fraction parenchymateuse
cérébrale et ainsi évaluer l'atrophie. Pour ce calcul, deux versions de l'algorithme
sont proposées. Contrairement à la première, la seconde prend en compte les informations longitudinales dans le calcul. Ces méthodes ont été comparées aux autres
méthodes automatiques existantes et disponibles sur internet ainsi qu'aux mesures
de référence obtenues par un expert.
À partir de ces travaux, la base de données à étudier est ensuite analysée selon
trois axes : statique, dynamique et par sujet. Les algorithmes développés ont été
implémentés dans un nouveau logiciel dédié à l'analyse de patients atteints de
SEP : SepINRIA.