>Christine Froidevaux (LRI Orsay, Équipe Bioinformatique)
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Équipe Bioinfo



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Laboratoire de Recherche en Informatique - Équipe Bioinformatique
Christine Froidevaux

Identité
E-mail [chris] @ [lri.fr]
Page personnelle http://www.lri.fr/~chris
Position Professeur Université Paris-Sud (UFR des Sciences)
Téléphone (33) 1 69 15 65 07
Fax (33) 1 69 15 65 86
Bureau 172
AdresseLRI - CNRS UMR 8623
PCRI Bât 650 - Université Paris-Sud
F-91405 Orsay Cedex


Présentation générale

Professeur d'informatique à l'Université Paris-Sud (27ème section), je suis responsable de l'équipe Bioinformatique du LRI et membre de l'équipe projet INRIA AMIB.

Co-responsable du Master de Bioinformatique et Biostatistiques BIBS, cohabilité Université Paris Sud et Ecole Polytechnique.

Membre du CA de la Société Informatique de France SIF (créée en 2012), qui vise à promouvoir l'informatique en France.


Recherche Logiciels Publications Enseignement

Recherche

THÈMES

  • Bioinformatique des génomes
    • Intégration et extraction de connaissances dans des sources de données biomédicales
    • Analyse de réseaux biologiques

  • Méthodes informatiques
    • Intégration et interrogation de sources de données ; conception et mapping d'ontologies ;
    • Analyse de workflows scientifiques
    • Représentation et analyse de données ; raisonnement sur des connaissances expertes

ENCADREMENT DE THESES
  • Intégration de données et workflows scientifiques (Jiuqiang Chen, co-encadré par Sarah Cohen-Boulakia)
  • Raisonnement sur des connaissances biologiques pour la construction et l'analyse de réseaux de signalisation (Adrien Rougny, en collaboration avec Anne Poupon, INRA BIOS)
  • Modélisation et scores de complexes ARN-protéines (Adrien Guilhot-Gaudeffroy, co-encadré par Jérôme Azé et Julie Bernauer)

PROJETS

  • Représentation et intégration de connaissances pour la prédiction d'interactions entre protéines (projet PRES UniverSud : IBISC, LRI, INSERM U467 Necker, 2012-2013)
  • Identification par Génomique comparée à grande échelle des capacités métaboliques des champignons impliqués dans la transformation de la biomasse d'origine végétale (projet PEPS, IGM, LRI, UMR GV, 2012-2013)
  • Acquisition Semi-Automatique de Modèles des voies de signalisation à partir des données expérimentales (ASAM, INRA-INRIA, 2011-2012), en collaboration avec l'équipe BIOS, INRA Tours.

BIBLIOGRAPHIE

Liste de publications.

Logiciels

  • SPFlow
    Ce module vise à améliorer la réutilisation des workflows scientifiques en fournissant une stratégie pour réduire la complexité de leurs structures tout en préservant la provenance. Il a été développé par Jiuqiang Chen et conçu en collaboration avec Sarah Cohen Boulakia.
  • GenoQuery est un module d'interrogation pour l'entrepôt de données génomiques Microbiogenomics dédié à l'annotation fonctionnelle. Ce logiciel a été développé par Frédéric Lemoine et conçu en collaboration avec Bernard Labedan.
  • BioGuide est un logiciel développé par Sarah Cohen Boulakia et conçu en collaboration avec Susan Davidson de l'Université de Pennsylvanie. Il repose sur un algorithme générique de sélection automatique de sources pertinentes, adaptable aux différents utilisateurs, prenant en compte à la fois leurs préférences et leurs stratégies d'interrogation.

Enseignement

J'enseigne à l'Université Paris Sud dans la licence d'informatique et le Master IAC (spécialité Recherche Information, Apprentissage, Cognition du Master Informatique). J'enseigne aussi dans le Master de Bioinformatique et Biostatistiques BIBS.
  • Filière d'informatique
  • Filière de Bioinformatique et Biostatistique (BIBS)
    • Master M1 BIBS
      • Algorithmique et Complexité en biologie
    • Master M2 BIBS Recherche et Pro
      • Bases de Données Avancées et Apprentissage
      • Intégration et analyse de données biologiques issues du Web
      • Formation à la Recherche

  • Livre d'enseignement
    "Types de données et algorithmes", Christine Froidevaux, Marie-Claude Gaudel et Michèle Soria, McGraw-Hill, Collection Informatique,1994, 575 pages.
    Le livre (édition 1990)