Bienvenue sur la page du projet AMIS ARN

Projet ANR Blanc 2009-2012

Participants

· Partenaire 1 : LRI et IGM, Orsay

• Alain Denise (coordinateur)
• Mahassine Djelloul (jusqu'à juin 2010)
• Philippe Rinaudo (membre partenaires 1 et 2)
• Annelyse Thévenin (jusqu'à août 2010)
  
  

· Partenaire 2 : PRISM, Versailles

• Dominique Barth
• Alexis Lamiable (jusqu'à décembre 2011 - membre partenaires 1 et 2)
• Franck Quessette
• Sandrine Vial
  
  

· Partenaire 3 : IBMC, Strasbourg 

• Liza Al-Shikhley
• Fabrice Jossinet
• Eric Westhof

Publications et communications

• Journaux internationaux avec comité de lecture
• Fabrice Jossinet, Eric Westhof. Assemble: an interactive graphical tool to analyze and build RNA architectures at the 2D and 3D levels. Bioinformatics 26, 2057-2059 (2010).
• Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof. Prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures. Computational Biology and Chemistry 37, 1-5 (2012).
• Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise. An algorithmic game-theory approach for coarse-grain prediction of RNA 3D structure. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, sous presse.
• Alain Denise, Philippe Rinaudo. Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey. To appear in Transactions on Computational Collective Intelligence, Lecture Notes in Computer Science, Springer.
• Yaser Hashem, Amedee Des Georges, Jie Fu, Sarah N. Buss, Fabrice Jossinet, Amy Jobe, Qin Zhang, Hstau Y. Liao, Bob Grassucci, Chandrajit Bajaj, Eric Westhof, Susan Madison-Antenucci, and Joachim Frank. High-resolution cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei 80S: a unique eukaryotic ribosome. Nature, sous presse.

• Colloques internationaux avec comité de programme
• Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise. Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots (extended abstract). Proc. WABI 2012: 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 149-164 (2012).

• Thèses soutenues.

o Alexis Lamiable. Algorithmique de graphes pour l'analyse et la prédiction structurelle de l'ARN. Thèse de l’université de Versailles Saint-Quentin en Yvelines, décembre 2011.

o Philippe Rinaudo. Algorithmique de l’alignement structure-séquence : une approche générale et paramétrée. Thèse de l’université Paris-Sud, décembre 2012.

• Posters
• Fabrice Jossinet, Eric Westhof. Sequence to Structure (S2S) : a graphical tool to study structured RNA genes. EMBO Workshop on Visualizing Biological Data, EMBL, Heidelberg, 2010.
• Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise. Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling. In Actes des Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques - JOBIM'12, 2012.
• Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise. Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots (abstract). In Actes des Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques - JOBIM'12, 2012.
• Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Mélanie Boudard, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Yann Ponty, Franck Quessette, Sandrine Vial. Prédiction de la structure 3D des molécules d’ARN. Forum Digiteo, Ecole Polytechnique, 2012.

• Communications orales
• Fabrice Jossinet, Eric Westhof. "Assemble: how to build RNA molecules in electron density". Journées IGBMC/IBMC, 2010.
• Philippe Rinaudo. "Une approche comparative pour la prédiction des structures 3D d'ARN". Séminaire Bioinformatique, IGM Orsay, février 2011.
• Philippe Rinaudo. "Prédiction de structures d'ARN par une approche comparative". Séminaire BioNumeo, CEA Saclay, avril 2011.
• Alain Denise. "RNA bio-algorithmics: some optimization problems in structural bioinformatics". Workshop "Optimization and Machine Learning: Theory, Algorithms and Applications", Metz, mai 2011. Conférence invitée.
• Alain Denise. La bio-informatique, une avancée pour la biologie ou pour l'informatique ? Colloque pour les 20 ans du LaBRI,, Bordeaux, juin 2011. Conférence invitée.
• Alexis Lamiable. Méthodes de Théorie des Jeux pour la prédiction de la structure 3D de l'ARN à gros grain. Journées AReNa, Toulouse, février 2012.
• Philippe Rinaudo. Approche à complexité paramétrée pour la prédiction de structures d'ARN. Journées AReNa, Toulouse, février 2012.

Logiciels

• Assemble : an intuitive graphical interface to study and construct complex three-dimensional RNA structures.
• Rna3DMotif : extraction of recurrent tertiary motifs in RNA structures.
• Cartaj : Classification of RNA Junctions in geometrical families.